Для вивчення будови і хімічного складу клітини можна застосовувати світлову мікроскопію. В світловий мікроскоп можна побачити великі структури розміром від 0,5-1 мкм: ядро, ядерце, пластиди, мітохондрії і апарат Гольджі. Однак ультраструктуру цих органоїдів за допомогою світлового мікроскопа не розгледіти.