Заповнити їх можна найрізноманітнішим кремом, але частіше за все використовують заварний, шоколадний або сирний. І зовсім необов’язково крем повинен розташовуватися усередині еклера, Зовні – теж варіант. Щоб начинити «порожнину» еклера кремом потрібно кондитерський шприц або мішок.