Фітоспорін застосовують для обробки насіння, живців, підготовки землі перед посівом і посадкою, для обприскування вегетуючих і плодоносних рослин. Обробки можна проводити в будь-яку погоду, але після дощів захисна плівка, що утворюється від обприскування, частково змивається, тому необхідно повторне обприскування.